在进一步规范工程总体设计的同时，《指南》对地下厂区、地面层、主要辅助工程、劳动安全与职业卫生、施工与工艺调试及运行维护技术方面均作出了明确要求。
 
以污水处理、再生回用、改善生态环境为目标，《指南》提出地下式污水处理适用于用地紧张、人口稠密或环境敏感区等建设项目用地，并应结合投资成本、占地指标、生态环境要求、水资源综合利用等综合考虑。同时，地下式污水处理厂可独立建设，也可与城市水环境综合治理工程、生态综合体等结合建设。
 
在工艺与设备方面，《指南》明确安全可靠、技术先进、造价合理的原则，坚持省占地、少维护、自动化的技术方针。采用分层布置形式，在竖向布置上可分为水处理构筑物层、设备操作层和地面层。尤为值得关注的是，诸如污泥消化池、沼气罐、柴油发电机房等建筑物应设置在地面层。
 
对于重力流进水的地下式污水处理厂而言，进水端应设施进水速闭闸门和电动闸门双重安全保障措施。在预处理环节，膜生物处理系统或膜过滤系统前应设置超细格栅，并宜设置在沉砂池或初沉池后，并应根据膜元件或膜组器的类型进行选择。沉砂池的设计则宜采用高效除砂设备，强化除砂效果，结合进水含砂特征，宜强化对0.1—0.2mm粒径范围内砂粒的去除。
 
针对污水脱氮除磷的需求，厌氧—好氧工艺及其改良工艺，包括多级A/O、高效生物膜、膜生物反应器等。生物反应池水深一般值为7.0—8.0m，也可适当加深，具体深度应综合考虑地质条件、曝气设备性能确定。生物反应池顶板宜设置用于观察、取样及检修的孔洞，孔洞盖板应选用热浸锌钢、玻璃钢等防腐材质。
 
采用二次沉淀池时，宜采用单层或双层矩形沉淀池。前者进水布置方式宜为周边进水、周边出水，表面水力负荷为1.2—1.6m³(㎡·h)，污泥固体负荷不宜大于200kg/(㎡·d)，有效水深宜为4.0—4.5m。双层矩形平流式二次沉淀池则应充分考虑上、下层进水分配的均匀性。若上层沉淀池采用刮泥方式排泥，应考虑避免上层池体排泥对下层池体配水区的扰动，下层池体配水区前设置挡泥阀板。
 
而采用膜生物反应器时，膜池宽度的确定应考虑柱网兼具及膜组器尺寸。鼓风曝气系统的曝气器应选用较高充氧性能、布气均匀、阻力小、不易堵塞、耐腐蚀、操作管理及维修方便的产品。深度处理工艺应根据不同水质目标选择，不同工艺单元及其组合形式应进行多方案比较，满足占地紧凑、运行稳定、经济合理的要求。当采用混凝沉淀工艺作为深度处理工艺时，宜采用高效沉淀工艺，混合时间为1.0—3.0min。
 
污水宜采用紫外线消毒，必要时可采用次氯酸钠辅助消毒。污泥的浓缩脱水应在地下厂区内进行，宜采用一体化设备处理。当需要在地下厂区内将污泥脱水至80%含水率时，直接带式浓缩脱水一体机或离心式浓缩脱水一体机将成为优选。而当需要再地下厂区内将污泥进一步脱水至30%—60%含水率时，宜选择污泥低温干化工艺。此外，《指南》对地下式城镇污水处理厂的除臭设备、噪声控制、地下箱体等领域均作出了明确要求。